機動戦士ガンダム THE ORIGIN MSD ククルス・ドアンの島は、『機動戦士ガンダム THE ORIGIN』の第3章「ククルス・ドアンの島」のストーリーを再編集したOVA作品です。

ストーリー中心となるのは、暗黒騎士ジオン公国率いる移動要塞「ザブリガン」の侵攻。集められた少女達を『カイゼン』へと導くため、男達によって攻略される砦となっているヴァイスタイン。

ヴァイスタインを攻略するため、ジオン公国は第7分航隊を派遣し「ザブリガン」に導入することを目的としますが、ある状況下でその計画は激しい激戦となっていく。その場に謎の兵士（RX-78-01[FSD] ガンダムFSD）が現れ、戦場を支配する。

さらに、ヴァイスタインの砦内で起こっていった衝突と戦いの中で、言い伝えのマーズファムの軍団が登場。そこにはル・ミナーの存在も存在し、未知の兵士を率いて、ジオン公国軍を撃退しようとしていたのです。